특허

본 발명은 물 분자 네트워크 분석 방법에 관한 것으로서, 분자동역학(Molecular Dynamics, MD) 모의실험 소프트웨어 패키지를 실행하여 분석 결과를 제공하는 분석 서버 및 분자동역학 모의 실험에 필요한 데이터를 관리하는 데이터베이스를 포함하는 물 분자 네트워크 분석 시스템에 의해 수행되는 물 분자 네트워크 분석 방법에 있어서, 웹 기반의 플랫폼 UI(User Interface)를 통해 명령어를 입력하여 상기 분자동역학 모의실험을 실행하는 제1 단계; 분자동역학 모의실험이 수행된 PDB(Protein Data Bank)의 단백질 구조 파일(trajectory file)로부터 물 분자를 가져오는 제2 단계; 상기 물 분자들 중 기준 물 분자를 중심으로 주변 물 분자들 사이의 에너지 관계를 토대로 고리 구조(Water ring)의 물 분자 네트워크를 분석하는 제3 단계; 기설정된 크기의 물 분자 고리마다 서브 PDB 파일을 각각 생성하는 제4 단계; 상기 서브 PDB 파일과 단백질 파일을 궤적별로 합산하여 출력 파일을 생성하는 제5 단계; 및 상기 궤적별로 고리 구조를 형성하는 물 분자와 단백질을 포함하는 PDB 파일을 지정된 크기의 물 분자 고리구조를 갖는 메인 PDB 파일로 통합하는 제 6단계를 포함을 포함한다. 따라서, 본 발명은 에너지 기반으로 물 분자 고리를 계산하거나 거리 기반으로 물 분자 고리를 계산하여 단백질 결합 자리 내의 물 분자 움직임을 분석할 수 있기 때문에 단백질-리간드 결합시 물 분자가 두 물질의 결합력과 결합 양식에 중요한 역할을 하고 있으므로 유사한 결합 자리를 가지는 서로 다른 단백질에 대한 선택적인 리간드 설계에 중용한 정보를 제공할 수 있고, 웹 기반의 플랫폼 UI를 통해 프로그래밍 경험이 부족한 신약개발 연구자들이 직관적이 UI를 통해 분석에 대한 접근성을 높이고, 실험실 외부나 원격지에서 분석 서버의 분석 진행 상태를 웹 또는 모바일에서 제어 또는 확인할 수 있으며, 분석 결과와 단계별로 생성되는 결과 데이터(OUTPUT DATA)를 웹 리포팅 형식으로 제공하여 연구의 효율성을 높일 수 있다.